Είναι το γενετικό test που ανιχνεύει στα χρωμοσώματα του εμβρύου 120 σύνδρομα και γενετικές ανωμαλίες έναντι 10 του κλασικού καρυότυπου που εμφανίζονται ξαφνικά σε μια φυσιολογική κύηση χωρίς προηγούμενο ιστορικό ή χρωμοσωμικά ευρήματα. Εφαρμόζεται στα πλαίσια της αμνιοπαρακέντησης. Απαιτείται μικρότερη ποσότητα αμνιακού υγρού και τα αποτελέσματα τα έχουμε πιο γρήγορα, σε 4 μέρες και όχι σε 20 με το ίδιο κόστος. Σήμερα με τον μοριακό καρυότυπο είναι δυνατόν να ανιχνευθούν γενετικές ανωμαλίες και από μέρη των χρωμοσωμάτων που μέχρι σήμερα παραμένουν αδιάγνωστα τόσο με τον υπερηχογραφικό έλεγχο όσο και με τον κλασικό καρυότυπο.